Η Προεδρία της Επιτροπής Παρακολούθησης του Στρατηγικού Σχεδίου ασκείται από τον εκάστοτε Γενικό Διευθυντή του Υπουργείου Γεωργίας, Αγροτικής Ανάπτυξης και Περιβάλλοντος.

Η Επιτροπή Παρακολούθησης αποτελείται από 28 μόνιμα μέλη που εκπροσωπούν τα αρμόδια Υπουργεία / Τμήματα / Υπηρεσίες, την Αρχή Πληρωμών, ερευνητικά και ακαδημαϊκά ιδρύματα, Ενώσεις Αρχών Τοπικής Αυτοδιοίκησης, οικονομικούς και κοινωνικούς εταίρους, άλλους φορείς.

Κατά τις συνεδριάσεις της Επιτροπής Παρακολούθησης είναι δυνατό να προσκαλούνται, κατά περίπτωση, εκπρόσωποι μη κυβερνητικών οργανώσεων και άλλων ενδιαφερόμενων φορέων καθώς και εμπειρογνώμονες σε οικονομικά, τεχνικά, κοινωνικά, επιστημονικά και σχετικά θέματα. Στις συνεδριάσεις προσκαλούνται ως παρατηρητές και εκπρόσωποι της Ευρωπαϊκής Επιτροπής.

Κατά τον ορισμό των μελών της Επιτροπής αλλά και κατά την λειτουργία της, οι φορείς ενθαρρύνονται να εκπροσωπούνται με τρόπο ώστε να εξασφαλίζεται ισόρροπη συμμετοχή γυναικών αλλά και νέων σε ηλικία ατόμων καθώς και ατόμων που βρίσκονται σε δυσμενείς συνθήκες. Πρόσθετα, σημειώνεται ότι στα μέλη της Επιτροπής Παρακολούθησης εκπροσωπούνται φορείς αρμόδιοι για τους νέους και για τα δικαιώματα των γυναικών.