Η λειτουργία και σύσταση της Επιτροπής Παρακολούθησης διέπεται απο τον Εσωτερικό Κανονισμό Λειτουργίας της, ο οποίος έγκριθηκε ομόφωνα κατά την πρώτη συνεδρίαση της Επιτροπής στις 7 Δεκεμβρίου 2023 και επικυρώθηκε με την Απόφαση του Υπουργικού Συμβουλίου ημερομηνίας 8 Φεβρουαρίου 2023 με αριθμό 94.359.

Με την απόφαση του Υπουργικού Συμβουλίου ημερομηνίας 28 Νοεμβρίου 2024 (αρ. πρότασης 1491/2024) το Τμήμα Γεωργίας ορίστηκε ως Διαχειριστική Αρχή του Στρατηγικού Σχεδίου ΚΑΠ 2023-2027 καθώς και του Προγράμματος Αγροτικής Ανάπτυξης 2014-2020. Ως αποτέλεσμα της μεταφοράς της Διαχειριστικής Αρχής στο Τμήμα Γεωργίας, προωθήθηκαν οι σχετικές αλλαγές στον Εσωτερικό Κανονισμό Λειτουργίας.